Ich benutze
FocusWriter. Kost nix, ablenkungsfrei, hat ne ausklappbare Szenenliste an der Seite, man kann Szenen einzeln markieren und verschieben und man kann Sessions anlegen, so dass man für jedes Projekt mehrere Files gruppiert hat, die durch einen Klick auf die Session alle geöffnet werden.
Als Szenenindex benutze ich ein kleines .php-Script und ne Datenbank, außerdem druck ich mir immer einen Kalenderplan aus, auf dem die wichtigsten Ereignisse für jeden Tag der Geschichte stehen.
Ich hab mal Scrivener probiert und Papyrus auch, aber diese ganzen Strukturierungsfunktionen lenken mich nur ab und fressen für meinen Geschmack viel zu viel Zeit.
Im Fokuswriter tippe ich ***, dann Tag/Szenennummer und ein Stichwort zum Inhalt und schon hab ich Struktur. Alle naslang trage ich neue Ereignisse in meinen Szenenindex und fertig ist die Laube.